Эта история произошла в те далёкие времена, когда землю населяли странные существа, способные одним взглядом уничтожить обычного человека. Зло надвигалось со всех сторон на мир людей, и оно бы победило, не появись на свете добрый герой. Тьма разошлась, и люди увидели ясное небо и солнце, которого они не видели много лет. Мало кто знал, что ясному небу и яркому солнцу они должны быть благодарны одному человеку по прозвищу Волкодав. В игру были включены основные персонажи, при создании которых игровым моделям были заложены характерные особенности, черты характера и стремления, которые были присущи героям кинофильма.

1943 год. Вторая мировая война в самом разгаре, на всех фронтах идут кровопролитные бои. Но хотя нацистская армия еще сильна, ее продвижение замедлилось. Немецкое командование ищет способы исправить положение и находит их… в ином измерении. Фашистским оккультистам удалось открыть путь в параллельный мир, где они обнаружили источник темной энергии, получивший название «Черное Солнце». Если Германии удастся использовать силы чужого мира в качестве оружия, ни одна армия Земли не сможет помешать Гитлеру захватить всю планету. Но там, где бессильны целые армии, может преуспеть один человек, если это — агент Би Джей Блажкович (B.J. Blazkowicz). Знакомый герой, некогда сумевший разрушить планы Гиммлера по созданию суперсолдат и остановить воскресшего древнего короля Генриха I, возвращается. В предыдущей игре — Return to Castle Wolfenstein — он нанес значительный урон нацистской Германии, однако миру вновь нужна его помощь. В роли Блажковича вам предстоит проникнуть в глубокий немецкий тыл, где ученые Рейха готовят страшное оружие на основе «Черного Солнца». Сражаясь в нашем мире и в ином измерении, вы должны предотвратить катастрофу и остановить агрессора.